به مناسبت سالروز رحلت علامه محمد تقی جعفری / ۲۵ آبان ماه ۱۳۷۷ روز تلخی برای علم و فرهنگ کشور بود. روزی که در آن روح کاوشگر و تلاشگری سخت کوش در عرصه علم و فرهنگ به ملکوت اعلا پرواز کرد. علامه محقق استاد محمد تقی جعفری، فقیهی ژرف نگر و اندیشمندی توانا بود که در تلاش علمی مستمر و خستگی‌ناپذیر به سر می‌برد و عمر خویش را در تفکر و مجاهده علمی و عمیق اندیشی در دانش‌ها و علوم مختلف سپری کرد. ویژگی بارز علامه جعفری این بود که فعالیت‌های علمی خود را با اخلاص و صفای درون و نورانیت باطنی درآمیخت و در کنار اخلاص، صفات زیبای تواضع و فروتنی و اخلاق خویش را برای ادامه مسیر مبارک اما پرفراز و نشیب خود برگزید. چرا که اعتقاد داشت کسب علوم مختلف برای ارائه خدمات صادقانه به خلق خدا و به کار گرفتن علم و تخصص در مسیر رشد و بالندگی جامعه، منجر به جلب رضایت خالق می‌گردد و اگر طی این مسیر همراه با بهره‌گیری از فضایل اخلاقی نباشد، هدف غایی دست نیافتنی خواهد بود.
مجاهدت‌های بی‌وقفه علمی علامه محمد تقی جعفری ثمره‌ای بس گرانسنگ داشت به گونه‌ای که در طول عمر مبارک آن فقیه ادیب، بیش از ۸۰ اثر از ایشان در علوم گوناگون به طبع رسید و برخی از این آثار در نوبت‌های مکرر تجدید چاپ گردید. از برجسته‌ترین آثار استاد جعفری، مجموعه ۱۵ جلدی شرح مثنوی، کاملترین کشف الابیات مثنوی مولوی در ۴ جلد تحت عنوان «از دریا به دریا» و مجموعه ۲۷ جلدی شرح و تفسیر بر نهج البلاغه، در کنار ده‌ها جلد کتاب و رسائل مختلف در زمینه‌های فقه، علوم سیاسی، روان شناسی، علوم تربیتی، معارف اسلامی، هنر و ادبیات، مباحث فلسفی و کلامی و حوزه فرهنگ است. همچنین ده‌ها جلد کتاب و مقاله به یادگار مانده از استاد جعفری در نوبت تدوین و انتشار هستند که طبعاً در زمان مناسب منتشر خواهند شد.
علامه محمد تقی جعفری در حوزه اندیشه، علاوه بر داخل کشور اندیشمندی شناخته شده در سطح بین‌الملل بود و ده‌ها نویسنده، فیلسوف، استاد و محقق و متفکر از سراسر جهان با ایشان مذاکرات و مکاتبات علمی داشته‌اند که برخی از این مذاکرات در کتاب دو جلدی «تکاپوی اندیشه‌ها» جمع‌آوری و منتشر شده است. استاد فقید علامه محمد تقی جعفری در بیست و پنجم آبان ماه سال ۱۳۷۷ در پی بیماری به دیدار معبود شتافت و عالم علم و اندیشه را به سوگ خویش نشاند.
فهرستی که در ادامه می‌آید، برخی از آثار علامه محمد تقی جعفری در علوم و حوزه‌های مختلف فکر و اندیشه می‌باشد.

فقه
۱- رسائل فقهی شامل؛

طهارت اهل کتاب
ذبایح اهل کتاب
عدم انحصار زکات در موارد نه گانه
قاعده لاضرر و لاضرار
حلیت و حرمت گوشت انواع حیوانات
حقوق حیوانات در فقه اسلامی
کیفر سرقت در اسلام
مقایسه حقوق بشر در اسلام و غرب
بحثی درباره امر به معروف و نهی از منکر
حرمت سقط جنین
مسئولیت مدنی ناشی از جرم کودکان بزهکار در فقه و حقوق اسلامی
۲- حقوق جهانی بشر از دیدگاه اسلام و غرب (فارسی و انگلیسی)
۳- الرضاع
فلسفه
۱- جبر و اختیار
۲- مجموعه مقالات شامل؛
برهان کمالی دکارت بر وجود خداوند
برهان کمالی (وجوبی) در اثبات خدا
هدف زندگی
مقدمه‌ای بر مفهوم فلسفه مالکیت
حرکت و تحول
حرکت و تحول از دیدگاه قرآن
طبیعت و ماورای طبیعت
علم در خدمت انسان
رابطه علم و حقیقت
علم و عرفان از دیدگاه ابن سینا
علم از دیدگاه اسلام
امید و انتظار
۳- ارتباط انسان و جهان
۴- ایده آل زندگی و زندگی ایده‌آل
۵- نقد نظریات دیوید هیوم در چهار موضوع فلسفی
مفاهیم و اندیشه‌های مجرد
خویشتن
علیت
استی و بایستی
۷- بررسی و نقد برگزیده افکار راسل
۸- زیبایی وهنر از دیدگاه اسلام
۹- حکمت اصول سیاسی اسلام (فلسفه سیاسی اسلام). این کتاب ترجمه و تفسیر فرمان مبارک حضرت امیرالمومنین(ع) به مالک اشتر است.
۱۰- بررسی و نقد کتاب (سرگذشت اندیشه‌ها) که مهمترین کتاب آلفرد نورث وایتهد در فلسفه مغرب زمین است.
۱۱- پیام خرد،‌ این کتاب حاوی تعدادی از سخنرانی‌های بین‌المللی می‌باشد که به عنوان نمونه می‌توان به سخنان ایشان تحت عنوان (تقسیم بندی فلسفه‌ها) در یونان در دانشگاه آتن اشاره نمود. پس از این سخنرانی و بیان این تقسیم بندی جدید در فلسفه، پروفسور “موچوبولوس” استاد بزرگ فلسفه در دانشگاه آتن درباره استاد علامه جعفری این مطالب را بیان کرد: همان گونه که در معرفی استاد گفتم: ایشان بسیار عمیق به مسائل می‌نگرند. امروز شما آقایان و خانم‌ها با سخنرانی علامه جعفری می‌توانید این موضوع را تایید کنید که استاد علامه جعفری تقسیم بندی جدیدی را که برای علم و فلسفه و انواع آن مطرح کرده‌اند بسیار جالب است و با توجه به افکار ایشان می‌توان خطوط اصلی فلسفه و وظایف آینده فیلسوف را تعیین کرد.
۱۲- فلسفه دین
۱۳- تحقیقی در فلسفه علم
۱۴- فلسفه و هدف زندگی
۱۵- فلسفه و نقد سکولاریزم
۱۶- مقدمه‌ای بر فلسفه
۱۷- مولوی و جهان بینی‌ها
۱۸- تعاون الدین و العلم
۱۹- الامر بین الامرین
۲۰- نهایت الادراک الواقعی بین الفلسفه القدیمه و الحدیثه
۲۱- آفرینش و انسان
۲۲- موسیقی از دیدگاه فلسفی و روانی
عرفان
الف- در موضوع عرفان؛
۱- عرفان اسلامی
۲- آیا شریعت طریقت و حقیقت با یکدیگر متفاوتند؟
۳- نیایش امام حسین(ع) در صحرای عرفات (به زبان فارسی و عربی)
۴- تفسیر و نقد و تحلیل مثنوی (۱۵ جلد)
۵- حضرت علی(ع) و عرفان
۶- علل و عوامل جذابیت سخنان مولوی
ب- در علم النفس؛
۱- آیا جنگ در طبیعت انسان است؟
۲- وجدان
معارف اسلامی
۱- ترجمه و تفسیر نهج‌البلاغه (۲۷ جلد)
۲- ترجمه کامل نهج‌البلاغه (۱ جلد)
۳- انسان در دیدگاه قرآن
۴- مبدا اعلا
۵- امام حسین(ع) شهید فرهنگ پیشرو انسانیت
۶- شناخت انسان در تصعید حیات تکاملی
۷- علم از دیدگاه علی
۸- علم و دین در حیات معقول
۹- اخلاق و مذهب
۱۰- شناخت از دیدگاه علمی و قرآن
ادبیات و تحقیقات در مبانی آنها
۱- سه شاعر (حافظ، سعدی، نظامی)
۲- حکمیت و اخلاق و عرفان در شعر نظامی گنجوی (به زبان فارسی و روسی)
۳- تحلیل شخصیت خیام (بررسی آرا فلسفی، ادبی، علمی و دینی)
۴- از دریا به دریا (کشف الابیات مثنوی مولوی در ۴ جلد)
مباحث علمی
۱- عمل تجوید ذهن
۲- بحثی در قانون تعادل در روش تجزیه‌ای و ترکیبی
۳- دانش‌ها و ارزش‌ها در مجرای قوانین علمی
مدیریت
۱- انگیزش مدیریت در اسلام و نقد انگیزش‌های معاصر
فرهنگ
۱- فرهنگ پیرو – فرهنگ پیشرو
۲- طرحی برای انقلاب فرهنگی
مکاتبات علمی علامه جعفری با برتراند راسل فیلسوف شهیر انگلیسی که طی آنها، استاد جعفری به برخی از نظریات راسل انتقاد وارد ساخته، در بعضی از کتاب‌های ایشان مثل: نقد و بررسی افکار راسل، توضیح و بررسی مصاحبه راسل مکرر به چاپ رسیده است. همچنین کتابی تحت عنوان «بررسی و نقد سرگذشت اندیشه‌ها» حاوی تحلیل و نقد نظریات آلفرد نورث وایتهد پدر منطق ریاضی که یکی از بزرگترین فلاسفه اروپا می‌باشد، چاپ و منتشر شده است. ضمناً کتاب‌هایی به قلم ایشان در نقد و تحلیل فلسفه پوزیتیویستی و نئوپوزیتیویستی معاصر غرب چاپ و منتشر شده است که از آن جمله می‌توان به شرح و نقد نظریات کانت، هگل، دکارت و دیوید هیوم اشاره نمود.