آیت الله سیدعبدالله بهبهانی با آغاز نهضت مشروطه به صف مبارزان پیوست و با یاری و همکاری آیت اللَّه سید محمد طباطبایی، رهبری مشروطه‌ خواهان را به عهده گرفت. آیت الله بهبهانی زمانی که پس از به توپ بستن مجلس، او را دستگیر و نزد محمدعلی شاه بردند با شجاعت ایستادگی کرد. به روایت ناظران، وقتی شاه با او به تندی سخن گفت، آیت‌الله بهبهانی با تغیر خطاب به او گفت «به همان رویه سابق سخن بگویید.» عتابی که شاه را به عقب‌نشینی واداشت. شاید به جهت همین روحیات و شخصیت بهبهانی بود که در جریان استبداد صغیر به عتبات تبعیدش کردند تا اینکه پس از فتح تهران توسط مشروطه‌خواهان در میان استقبال مردم وارد تهران شد. در مسیر بازگشت از تبعید عراق به تهران وقتی به راونج در نزدیکی های قم رسید با فرزندش سیدمحمد بهبهانی دیدار کرد و به او گفت: تو زنده ماندی و شیخ را در تهران به دار زدند و این ثلمه را به اسلام وارد ساختند چرا نرفتی بند دار را بگیری و به گردن خود اندازی که این ننگ برای اسلام پیش نیاید و این لطمه و سکته به مشروطیت ایران وارد نشود.

مهدی ملک‌زاده نویسنده کتاب تاریخ مشروطیت ایران، آیت الله بهبهانی را پایه‌گذار حکومت ملی دانسته و شجاعت وی را تحسین می‌کند. سیدحسن تقی‌زاده نیز که بیشترین تعریف و تمجید را از بهبهانی کرده است، معتقد بود: ‌اگر آقا سیدعبدالله نبود، مشروطیت نبود.

بازگشت آیت الله بهبهانی به تهران پس از سقوط محمدعلی شاه اگرچه دیرهنگام بود اما او با قدرت رهبری توانست به جایگاه پیشین بازگردد. حزب اعتدالیون برای رقابت با اجتماعیون عامیون (دموکرات‌ها) گرد آیت الله بهبهانی و آیت الله طباطبایی جمع شدند. در مجلس دوم که نمایندگان به ۲ گروه تندرو و میانه رو تقسیم شدند، آیت الله بهبهانی به حمایت از میانه‌روها یعنی همان اعتدالیون برخاست و در جریان اختلاف‌های پیش آمده، شماری از بدخواهان و دشمنان مشروطه، کمر به قتل او بستند و در ۲۴ تیر ۱۲۸۹ خورشیدی او در خانه‌اش به شهادت رساندند.

عکس العمل مجلس

پس از اینکه آیت الله بهبهانی به شهادت رسید، مجلس به رسم عزاداری تعطیل و تشکیل جلسه دیگر به سه روز بعد موکول شد. هیأت رئیسه می خواست جلسه را غیرعلنی برگزار کند اما آقا شیخ علی یکی از نمایندگان خواستار، مذاکرات علنی شد. او با لحنی عصبی و محکم گفت ابداً لازم نیست جلسه خصوصی تشکیل شود: قانون اساسی نقض می شود، حجت الاسلام ما را می کشند، ابداً ملاحظه دیانت و... [کذا] نمی شود و اقدام در دستگیری قاتل او را نمی نمایند، بنده عرض می کنم تا قاتل دستگیر نشده مجلس نباید به هیچ وجه داخل مذاکره بشود.

آقا شیخ علی بعد از این سخنان خواست صحن مجلس را ترک کند اما حاجی آقا نماینده شیراز او را برگرداند. سرانجام قرار شد بعد از خاتمه جلسه علنی، جلسه خصوصی برگزار شود اما قبل از تشکیل جلسه علنی، سیدحسین اردبیلی خاطرنشان کرد، رئیس مجلس می تواند در صورت ضرورت به تقاضای ۱۰ تن از نمایندگان یا به تقاضای یک وزیر، جلسه محرمانه تشکیل دهد. حتی می توان جلسه محرمانه ای متشکل از تعدادی از اعضای مجلس تشکیل داد، به گونه ای که دیگر نمایندگان «حق حضور نداشته باشند». او گفت: همه از قتل سیدعبدالله بهبهانی متأثرند اما هر یک از ماها نباید از حدود معینه خود و از حیثیت اخلاقی تجاوز کرده باشیم و برای اینکه به مردم نشان بدهیم که حرارت ما، فوق حرارت سایرین است، اظهاراتی بکنیم که به حیثیت مجلس برخورده در خارج چنین معلوم شود که قانون اساسی نقض شده است، این است که بنده خیلی افسوس می خورم از این اتفاقاتی که حالا واقع شد.

ذکاء الملک توضیح داد، طبق اصول مشروطه تعقیب قاتل یا قاتلان کار کابینه است و کابینه هم هنوز معرفی نشده اما حاجی سیدابراهیم به درستی تذکر داد، دستگیری قاتلان ربطی به کابینه ندارد و این کار نظمیه است. از طرفی هر وزارتخانه ای معاون دارد، پس اکنون که اصناف در اعتراض به شهادت بهبهانی در اعتصاب به سر می برند، معاون وزارت داخله و رئیس نظمیه را بطلبند تا به سرعت مرتکبان را دستگیر کنند.

ذکاءالملک که زیر فشار اکثریت از انعقاد جلسه غیرعلنی صرف نظر کرده بود از نمایندگان خواهش کرد «آقایان در این خصوص (قتل) دیگر فرمایشی نفرمایند». او ناچار شد، خاطرنشان کند، مجلس با وجود اعزام هیأتی نزد نایب السلطنه برای پی گیری دستگیری قاتلین «نمی تواند داخل این کار بشود» تا اینکه پس از مذاکرات مفصل و بی نتیجه درباره چگونگی تعقیب قاتلان بهبهانی، مجلس برای شرکت در عزاداری تعطیل شد.

عکس العمل بازار

با شهادت آیت الله بهبهانی بازار اعتصاب کرد تا اینکه با تشکیل دولت مستوفی الممالک، مجلس از رؤسای اصناف و تجار دعوت کرد تا کسبه را به باز کردن دکان های خود متقاعد کنند. بازاریان که خواستار پیگیری ماجرای ترور بهبهانی و کشف قاتلان و دست اندرکاران و مجازات آنها بودند، هیأتی به ریاست حاج محمدتقی بنکدار به مجلس فرستادند. در ورودی مجلس، کریم دواتگر که اسلحه ای هم در دست داشت، از ورود آنان جلوگیری کرد. آن روز نمایندگان اصناف نتوانستند با مجلسیان دیدار کنند. فردای آن روز و به دنبال دیدار اصناف و بازاریان، آنها قانع شدند که در ازای دستگیری و مجازات قاتلان آیت الله بهبهانی، مغازه ها و بازار را بگشایند.