فرآیند ثبت‌نام داوطلبان در آزمون کارشناسی ارشد سال ۹۹ طبق رسم هر ساله از ۱۶ آذرماه در سایت سازمان سنجش آموزش کشور آغاز می‌شود.

براساس برنامه زمان‌بندی سازمان سنجش آموزش کشور، ثبت‌نام از داوطلبان متقاضی شرکت در آزمون سراسری سال ۹۹ دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی از روز شنبه ۱۶ آذرماه آغاز می شود و تا ۲۵ آذرماه ادامه دارد.
آزمون کارشناسی ارشد سال ۹۹ کمی زودتر از دوره های قبل و در روزهای ۲۸ و ۲۹ فروردین ماه ۹۹ برگزار می شود.
بر اساس اطلاعات کنکور کارشناسی ارشد سال ۹۸، ۱۶۰ هزار و ۸۱۷ نفر مورد پذیرش دانشگاه ها قرار گرفتند که این ظرفیت بدون احتساب دانشگاه آزاد است.
در آزمون سال ۹۸ ظرفیت پذیرش در کارشناسی ارشد دانشگاه‌ها هفت درصد کاهش داشت که این مسئله به دلیل اعمال افزایش کیفیت در این دوره تحصیلات تکمیلی اعمال شد.

بر اساس مصوبه دائمی شورای سنجش و پذیرش تحصیلات تکمیلی، گزینش دانشجو در هر یک از رشته های امتحانی دوره های کارشناسی ارشد ناپیوسته از بین داوطلبانی که بر اساس کارنامه اولیه مجاز به انتخاب رشته هستند با توجه به نمره کل اکتسابی، اولویت کد رشته های انتخابی و نتیجه بررسی صلاحیت های عمومی مطابق ضوابط مربوط از کنکور کارشناسی ارشد سال ۹۸ آغاز شد و این روند برای آزمون های کارشناسی ارشد ادامه دارد.

طبق تبصره گزینش نهایی در تمام رشته های تحصیلی طبق ۸۰ درصد نمره آزمون کتبی (حاصل از تراز نمرات دروس) در هر گرایش با توجه به ضرایب مربوط و ۲۰ درصد معدل تراز شده انجام می شود.