برای هر محقق و پژوهش‌گری که در هر زمینه از موضوعات علمی ‌تحقیق و پژوهش می‌کند، نگارش یک پژوهش ـ چه در قالب مقاله یا رساله پایان‌نامه و یا کتاب ـ اولاً می‌تواند تأثیر بسزایی برای خود او در رسیدن به نتایج‌ علمی و ابهام‌زدایی‌های فکری داشته باشد و ثانیاً برای خواننده اثر پژوهشی او پاسخ‌گو به شبهه‌ها و سؤالات فکری باشد و افق‌های جدیدی را پیش ‌چشم او بگشاید و راه‌های روشنی را در تاریکی‌های نادانسته‌های او بنمایاند.

پژوهش فرایند تولید علم است، بر خلاف بسط اطلاعات دیگران که توسعه است نه پژوهش. شأن یک مقاله علمی ـ ‌پژوهشی این است که در مقیاس تاریخ آن علم، نوآوری داشته باشد و تولید علم کند. برخلاف مقاله علمی‌‌ ـ ‌ترویجی که بسط علم داده و اطلاع‌رسانی می‌نماید.

در پژوهش، آغاز کار روبرو شدن با مشکل است. محقق باید با روش‌های خاص خود، مشکل را به مسأله تبدیل کند، فرض‌ها و احتمالات ممکن را در نظر بگیرد، آن فرض‌ها و احتمالات را بررسی و تحلیل کند، و به‌این‌ترتیب، به نظریه‌ای برای حل مسأله برسد. پس، فرض‌ها و احتمالات، پاسخ اول محقق به مسأله، و تحلیل و تعقل، مسیر او برای رسیدن به پاسخ نهایی است. اگر مشکل به مسأله تبدیل نشود، یک فعالیت موضوع محور انجام خواهد شد، در حالی‌که پژوهش یک فعالیت مسأله‌محور است.

پس یک مقاله علمی ـ پژوهشی باید مسأله‌محور، و نگارنده در آن به دنبال پاسخ به یک سؤال اساسی باشد، و یا با در نظر گرفتن مشکلات جامعه و یا مجهولات علمی، و در جهت رفع آن‌ها، مسأله‌ای را در نظر بگیرد و درصدد حل آن برآید.

بنابراین، نگارش یک مقاله و رساله علمی ـ پژوهشی باید ویژگی‌هایی داشته باشد که به اختصار می‌توان به برخی از آن‌ها اشاره کرد:

 - شبهه‌ای را برطرف کند، سؤالی را پاسخ دهد و یا مسأله‌ای را حل نماید.

 - نوآوری و ابتکار داشته باشد.

- ضمن سادگی و گویایی، به زبان و ادبیات علمی باشد.

- ساختاری روشمند و مقبول داشته باشد.

نگارنده یک اثر ‌پژوهشی به طور ‌کلی باید چهار مرحله ‌اساسی را پشت‌ سر بگذارد:

الف) تهیه طرح تحقیق: انتخاب موضوع، عنوان، بررسی پیشینه، منابع و طرح کلیات مطالب و سیر اجمالی مباحث تا وصول به نتیجه تحقیق.

ب) جمع‌آوری اطلاعات: مطالعه و تتبع و فیش‌برداری از مطالب قابل بهره‌برداری در رسیدن به اهداف پژوهش.

ج) ترکیب و تدوین مطالب: مرتب ساختن و انسجام و تدوین مطالب جمع‌آوری شده و ایجاد شکل استدلالی، برای اثبات مدعای مورد نظر و وصول به نتیجه.

د) قرار‌ دادن مطالب در قالب رسمی یک پژوهش: قرار دادن مطالب تدوین‌شده پس از تکمیل محتوا، در قالب رسمی یک پژوهش به صورت مقاله و یک رساله‌ علمی و یا کتاب.

مراحل چهارگانه فوق را می‌توان به طور مشروح‌تر و گام‌به‌گام به تفصیل زیر بیان کرد:

الف) تهیه محتوای علمی پژوهش:

برای تهیه محتوای علمی پژوهش مراحل زیر باید انجام شود:

1 - انتخاب موضوع:

پژوهش‌گر با در نظر گرفتن دغدغه‌های فردی و اجتماعی، و انگیزه‌های درونی خود و نیازهای جامعه و اقشار عام یا خاص و همچنین با توجه به توانایی علمی خود می‌تواند موضوعی را برای تحقیق و پژوهش خود انتخاب نماید. این موضوع می‌تواند یک مفهوم بسیط و واحد باشد؛ مانند: ایثار، دفاع، و یا یک مفهوم مرکب مانند: تربیت فرزند. گاهی موضوع، یک مفهوم دارای محدوده معین است؛ مانند: ولایت و امامت در مکتب تشیع، یا تربیت فرزند از دیدگاه اسلام. موضوع یک پژوهش نباید خیلی کلی و دارای دامنه بسیار گسترده‌ای باشد. هرچه این محدوده کوچک‌تر و ضیق‌تر باشد، تلاش برای عمق بخشیدن به مطالعه و بررسی موفق‌تر است.

2 - انتخاب محدوده پژوهش:

تحقیق در یک موضوع علمی می‌تواند بدون محدودیت در دامنه پژوهش باشد و پژوهش‌گر موضوع خود را در هر زمینه قابل تحقیق، بررسی کند؛ اما بهتر است محدوده معینی از فضای علمی را برای آن در نظر بگیرد و منابع در دسترس را شناسائی و محدوده استناد و استدلال خود را معین نماید تا گرفتار خلط مباحث و آشفتگی در استدلال نشود؛ مانند: مبانی روانشناختی انسان در منابع اسلامی، بانکداری در اسلام، فقه پویا در روایات اهل‌بیت علیهم‌السلام، و یا حکومت و زمامداری اسلامی در نهج‌البلاغه.

3 - انتخاب عنوان:

عنوان پژوهش می‌تواند کلمه و یا عبارتی باشد که به طور صریح یا به شکل هنری حکایت از موضوع و یا مدعا و هدف پژوهش نماید. این عنوان ترجیحاً باید زیبا، کوتاه و رسا باشد. گاهی همان موضوع اثر پژوهشی عیناً عنوان تحقیق قرار ‌داده می‌شود. عنوان پژوهش را می‌توان پیش از انجام مراحل تحقیق انتخاب نمود و گاهی این عنوان پس از پایان تحقیق انتخاب می‌شود.

4 - تهیه طرح تحقیق:

برای انجام یک تحقیق روشمند و موفق، تهیه طرح تحقیق لازم بلکه ضروری است و عدم تهیه آن موجب سردرگمی و به بیراهه رفتن و یا دور زدن در محدوده کوچکی از موضوعات است.

پژوهش‌گر پس از انتخاب موضوع و عنوان و بررسی منابع و پیشینه تحقیق و دست‌یابی به آخرین نظریات در موضوع، طرح خود را برای تحقیق مورد نظر، ترسیم می‌کند. اگر ذهنیت نسبتاً کامل و روشنی به مباحث مورد نظر خود داشته باشد، باید یک طرح کلی برای مجموعه مطالب و فصل‌ها و بخش‌های مورد نظر آن تنظیم نماید و کلیات و سیر مباحث را از آغاز مطالب تا سرانجام، روی کاغذ پیاده کند و در صورت امکان نمودار درختی برای آن بکشد، و توضیحاتی پیرامون کیفیت سیر مباحث و روش استدلال و استنتاج بنویسد. اما اگر از ابتدای تحقیق ذهنیت کاملی برای ترسیم ساختار کلی مباحث نداشت، تا حد ممکن سرفصل‌های موضوعات و مطالبی را که به نوعی با موضوع او مرتبط است، در برگه طرح تحقیق یادداشت کرده تا در طول سیر مطالعات، به تدریج عناوین و سرفصل‌ها مشخص شوند و ساختار طرح و سیر مباحث تکمیل گردد.

5- جمع‌آوری اطلاعات:

شروع عملیات پژوهش با مطالعه و یادداشت‌برداری از مطالب خوانده‌شده و یا یافته‌های شخصی پژوهش‌گر آغاز می‌شود. بهتر آن است که همه مطالب در فیش‌های تحقیقاتی و به روش متداول و پذیرفته‌شده در عرف تحقیقات امروزی وارد شود، و فروعات مطالب و مقدمات استدلال و اثبات مدعای مورد نظر پژوهش در فیش‌های مربوط جمع‌آوری گردد.

6 - تجزیه و تحلیل مطالب:

در این مرحله پژوهش‌گر باید مطالب جمع‌آوری‌شده را با هم مرتبط ساخته و در قالب استدلال‌های متقن و روشن و یا طرح موزون و متناسب و هنری، ترتیب و انسجام بخشد و ساختار یک مجموعه هماهنگ و منسجم در جهت رسیدن به هدف پژوهش را شکل دهد. طبعاً پژوهش‌گر مخاطبان خاص یا عامی را در نظر گرفته و متناسب سطح فکری و علمی آنان مطالب خود را شکل می‌دهد، بنابراین، شکل و نوع این ساختار بستگی به موضوع بحث و مخاطب مورد نظر دارد.

اگر پژوهش‌گر از روش طرح سؤال و شبهه و پاسخ‌دادن به سؤالات و شبهات مطرح‌شده در ذهن مخاطب خود برای رسیدن او به هدف مورد نظر و اثبات مدعا استفاده کند در تأثیرگذاری بر مخاطب خود موفق‌تر خواهد بود.

7 - جمع‌بندی مطالب و نتیجه‌گیری:

پژوهش‌گر پس از آرایش دادن به مطالب و چینش درست مباحث مترتب بر یکدیگر و احیاناً استدلال‌های جزئی در بخش‌های مختلف، حاصل بحث خود را مبتنی بر بخش‌های مختلف جمع‌بندی و از همه مباحث نتیجه‌گیری نهایی می‌نماید.

ب) تنظیم شکل و قالب پژوهش:

پس از تکمیل مطالب و مباحث محتوای پژوهش، به تنظیم شکل و قالب مقاله و یا رساله علمی خود می‌پردازد. و با در نظر داشتن این‌که می‌بایست فصل‌ها و بخش‌ها در اندازه‌های متناسب و متوازن از جهت حجم تقسیم شوند، ضمن تنظیم فصل‌ها و بخش‌ها در چینش مطلوب و حفظ ارتباط منطقی مباحث در جهت رسیدن به اهداف پژوهش، بخش‌های دیگری که در یک رساله علمی لازم و ضروری است به آن می‌افزاید که به صورت مختصر به آن‌ها اشاره می‌شود:

1 - فهرست‌ها:

 فهرست مطالب: پس از تنظیم بخش‌های مختلف رساله‌ علمی خود، فهرست عناوین و سرفصل‌های مباحث را استخراج کرده و در ابتدای پژوهش خود قرار می‌دهد. فهرست مطالب مقاله یا رساله ‌علمی بسته به موضوع و حجم مطالب تعیین می‌گردد. اگر کتاب یا رساله دارای حجم زیاد و بخش‌های فراوان باشد فهرست می‌تواند به صورت تفصیلی بیاید، ولی معمولاً در مقالات با حجم متوسط یا کم مطالب، به همان فهرست اجمالی اکتفا می‌شود.

 فهرست منابع: ‌هم‌چنین فهرست منابع و مآخذی که در پژوهش از آن‌ها استفاده شده جمع‌آوری و به ترتیب حروف الفبا و با چینش زیر تنظیم می‌شود:

شهرت مؤلف، نام مؤلف، نام کتاب، انتشارات، نوبت چاپ، محل نشر، سال نشر

مانند: مجلسی، محمدتقی، بحارالأنوار، دارالفکر، چاپ دهم، بیروت، 1418

 فهرست‌های دیگری نیز بسته به نوع مباحث و محتوای تحقیق می‌تواند به آن اضافه شود؛ مانند فهرست اعلام، آیات و روایات، و.... .

2 - پاورقی‌ها:

در هر صفحه هر جا که مطلبی از مأخذ خاصی نقل شده و یا به نوعی به آن اشاره شده باشد، با شماره کوچکی در بالای عبارت مورد نظر به منبع نقل قول در پاورقی صفحه اشاره می‌شود. و اگر عبارت خاصی از منبعی مورد بحث باشد، داخل متن و بین گیومه و در خطوط کوتاه‌تر از خطوط اصلی متن قرارداده، و به همان صورت در پاورقی منبع آن ذکر می‌شود.

مأخذ و آدرس منبع در پاورقی بار اول بطور کامل و با ذکر نام مؤلف و ناشر و مشخصات دیگر (مانند ذکر در فهرست منابع) و در دفعات بعد فقط نام کتاب و جلد و صفحه و با ترتیب زیر ذکر می‌شود:

نام کتاب، جلد، صفحه، مانند: بحارالانوار 285:53 (و یا : بحارالأنوار: 53/285 )

3 -  مقدمه:

گرچه مقدمه در ابتدای تحقیق قرار می‌گیرد اما نوعاً پس از اتمام آن نوشته می‌شود. مقدمه باید چشم‌اندازی کلی از مجموعه محتوای مقاله یا کتاب را به خواننده نشان ‌دهد، و می‌تواند او را با پیشینه موضوع، ضرورت و اهداف تحقیق، ساختار کلی نوشتار، و احیاناً تعریف موضوع، پرسش‌های اصلی و انگیزه و رویکردهای نویسنده آشنا کند. هم‌چنین مقدمه می‌تواند نقطه‌نظرها، پیش‌بینی‌ها، توقعات، انتقادها، و یا پیشنهادهای نویسنده را دربر داشته باشد. اختصاص یک بیستم حجم مقاله به مقدمه بسیار معمول است.

4 - چکیده:

چکیده، آمیزه‌ای از طرح موضوع، ضرورت موضوع کلیات مطالب و نتایج تحقیق است. نویسنده اثر علمی، خلاصه و چکیده‌ای از مجموعه مباحث را در پایان اثر خود حداکثر در دو یا سه صفحه تنظیم می‌کند، به‌طوری که خواننده با مسأله، طرح، نظریات، سیر بحث و کلیات آن و هم‌چنین نتیجه‌گیری و نظر صاحب اثر آشنا شود.

لازم به ذکر است، مطالب و نکات بسیار دیگری پیرامون شیوه و کیفیت نگارش مقاله و رساله علمی وجود دارد که جهت رعایت اختصار از ذکر آن‌ها صرف‌نظر شد.